In generale evitare sempre le trasparenze nei PDF: creano un sacco di rogne quando si va a plottare.

Il PDF/A è un formato da "archivio" che garantirebbe la compatibilità del documento sui lunghi periodi e viene spesso richiesto dagli enti pubblici. Pure di questo esistono diversi sottogruppi ma difficlmente gli enti specificano quale. Il più basico esclude le trasparenze.

Le stampanti PDF di Autodesk non prevedono questo formato e occorre usare una stampante virtuale esterna. Sono riuscito con PDFcreator, che però scoccia un sacco con l'autopromozione - veramente isopportabile -, e ho ottenuto risultati decenti configurando una stampante Nuance PDF in compatibilità PDF/A-2u. In teoria questo formato supporterebbe anche le trasparenze ma meglio non rischiare.

Ho notato anche che le tavole con inseriti PDF (estratti di PRG o catastali) vengono pesantissime. Molto meglio convertirli prima in jpeg o png (anche quest'ultimo forse meglio senza trasparenze). Attenzione quindi se avete anche loghi PDF o immagini nei cartigli.

M$ Office

Per Microsoft Office, Word o Excel, non c'è bisogno di ricorrere a stampanti esterne. Si può ottenere PDF/A direttamente da Salva Come (Save as) e da lì scegliere formato PDF compatibilità PDF/A. Per me questo è il miglior sistema di fare PDF da word, perchè produce anche, se presenti nel documento, indici cliccabili nel PDF finale, comodissimi per documenti lunghi e struttturati come un capitolato.

Ancora meglio LibreOffice.